Unterschied zwischen Sonde und Primer

Hauptunterschied - Probe vs. Primer

PCR ist eine Technik, die in der Biotechnologie verwendet wird, um spezifische DNA-Fragmente für verschiedene Zwecke zu amplifizieren. Sonde und Primer sind zwei Arten von einzelsträngigen Oligonukleotiden, die in verschiedenen Arten von PCR verwendet werden. Sonden werden hauptsächlich in qPCR verwendet, während synthetische Primer in jeder Art von PCR verwendet werden. Das Hauptunterschied zwischen Sonde und Primer ist diese Sonde Die Sonde wird verwendet, um die Anwesenheit eines spezifischen DNA-Fragments in der Mischung durch Hybridisierung mit einer doppelsträngigen DNA nachzuweisen, während der Starter bei der Initiierung der Polymerasekettenreaktion durch Hybridisierung mit einzelsträngiger DNA verwendet wird. Im Allgemeinen werden Primer zur Initiierung der DNA-Replikation innerhalb der Zelle verwendet. Sonden werden auch in Hybridisierungsreaktionen verwendet.

Wichtige Bereiche

1. Was ist eine Probe?
     - Definition, Design, Bedeutung
2. Was ist eine Grundierung?
     - Definition, Design, Bedeutung
3. Was sind die Ähnlichkeiten zwischen Probe und Primer
    - Überblick über allgemeine Funktionen
4. Was ist der Unterschied zwischen Probe und Primer
   - Vergleich der wichtigsten Unterschiede

Schlüsselbegriffe: Hybridisierung, Oligonukleotide, PCR, Primer, Sonde, QPCR

Was ist eine Probe?

Sonde ist ein DNA- oder RNA-Fragment, das zum Nachweis der Anwesenheit eines spezifischen DNA-Fragments in einer Probe verwendet wird. Daher können Sonden für zwei Arten von Techniken verwendet werden, bei qPCR und bei Hybridisierungsreaktionen. Beim Design einer Sonde sollten vier Fakten berücksichtigt werden.

1. Ort - Die Sonden sollten mit dem DNA-Strang in unmittelbarer Nähe zum Reverse- oder Forward-Primer hybridisieren. Es sollte sich jedoch nicht mit den Primer-Bindungsstellen überlappen. Im Allgemeinen hybridisieren Sonden mit einem der beiden DNA-Doppelstränge.
2. Schmelztemperatur (Tm) - Die Schmelztemperatur der Sonde sollte 6-8 ° C höher sein als die der Primer.
3. Glühtemperatur (Ta) - Die Glühtemperatur des Versuchs sollte 5 ° C unter der Schmelztemperatur der Primer liegen.
4. GC-Inhalt - Der GC-Gehalt der Sonde sollte 35-65% betragen. Das 5'-Ende der Sonde sollte kein G enthalten.

In qPCR werden Sonden mit fluoreszierenden Farbstoffen oder radioaktiven Elementen markiert. Diese Sonden werden mit der Zielsequenz im DNA-Duplex hybridisiert. Verschiedene Arten markierter Sonden, entweder mit radioaktiven Elementen oder Fluoreszenz, werden auch in verschiedenen Arten von Hybridisierungsreaktionen verwendet. Die Hybridisierung der PNA-Sonden an ihre Zielsequenzen ist in gezeigt Abbildung 1. PNA-Sonden werden verwendet, um die Länge der Telomere zu bestimmen.

Abbildung 1: Hybridisierung von PNA-Sonden

Während der Hybridisierung binden Sonden komplementär an die einzelsträngige DNA. 

Was ist eine Grundierung?

Primer bezieht sich auf einen kurzen DNA- oder RNA-Strang, der als Ausgangspunkt für die DNA-Synthese dient. RNA-Primer werden innerhalb der Zelle verwendet, um die DNA-Replikation mit Hilfe der DNA-Polymerase zu initiieren. Synthetische DNA-Primer werden meistens in der PCR verwendet, um das gewünschte DNA-Fragment zu amplifizieren. Die Zielsequenz wird von zwei Primern flankiert, die als Forward Primer und Reverse Primer bekannt sind. Besonderheit und Komplementarität sind die primären Faktoren bei der Gestaltung von Grundierungen. Sekundärstrukturen sollten ebenfalls vermieden werden. Andere Faktoren, die bei der Entwicklung von Grundierungen berücksichtigt werden sollten, werden im Folgenden beschrieben.

1. Schmelztemperatur (Tm) - Die optimale Schmelztemperatur von Vorwärts- und Rückwärtsprimer sollte 60-64 ° C betragen.
2. Glühtemperatur - Die Glühtemperatur des Versuchs sollte 5 ° C unter der Schmelztemperatur jedes Primers liegen.
3. GC-Inhalt - Der GC-Gehalt der Primer sollte 35-65% betragen..

Das Annealing des Vorwärts- und Rückwärtsprimers an die zwei Stränge der Ziel-DNA ist in gezeigt Figur 2.

Abbildung 2: Primer Glühen

Bei der DNA-Sequenzierung werden Primer bei der Amplifikation des Zielfragments verwendet. Primer können für verschiedene Nachweiszwecke entweder mit radioaktiven Elementen oder mit Fluoreszenz markiert werden. 

Ähnlichkeiten zwischen Probe und Grundierung

• Sonde und Primer sind zwei Arten einzelsträngiger Oligonukleotide, die in verschiedenen PCR-Techniken zur Hybridisierung mit komplementärer DNA verwendet werden.
• Sowohl Sonde als auch Primer sind für ein bestimmtes DNA-Fragment spezifisch.
• Sowohl Sonde als auch Primer können entweder DNA / RNA sein.
• Sowohl Sonden als auch Primer haben spezifische Temperaturen, um mit der Zielsequenz zu glühen.
• Sowohl die Sonde als auch der Primer können zum Nachweis mit einem Fluorophor verwickelt werden.

Unterschied zwischen Sonde und Primer

Definition

Sonde: Sonde ist ein DNA- oder RNA-Fragment, das zum Nachweis der Anwesenheit eines spezifischen DNA-Fragments in einer Probe verwendet wird.

Grundierung: Primer ist ein kurzer DNA- oder RNA-Strang, der als Ausgangspunkt für die DNA-Synthese dient.

Rolle

Sonde: Sonden werden verwendet, um ein spezifisches DNA-Fragment in qPCR nachzuweisen.

Grundierung: Primer werden verwendet, um die DNA-Replikation zu initiieren. Es wird auch bei der Initiierung der PCR verwendet.

Länge

Sonde: Die Länge einer Sonde kann 25-1000 Basenpaare betragen.

Grundierung: Die Länge eines Primers kann zwischen 18 und 22 Basenpaaren betragen.

Hybridisierung

Sonde: Die Sonden werden mit doppelsträngiger DNA hybridisiert.

Grundierung: Primer werden mit einzelsträngiger DNA hybridisiert.

Beschriftung

Sonde: Sonden werden im Allgemeinen mit einem Fluorophor für den Nachweis markiert.

Grundierung: Primer können je nach Verwendungszweck gekennzeichnet werden.

Fazit

Sonde und Primer sind zwei Arten einzelsträngiger Oligonukleotide, die in verschiedenen PCR-Typen verwendet werden. Sonden werden zum Nachweis spezifischer DNA-Fragmente in qPCR verwendet. Primer werden verwendet, um die DNA-Replikation innerhalb der Zelle zu initiieren, und sie werden auch zur Initiierung der PCR verwendet. Daher besteht der Hauptunterschied zwischen Sonde und Primer in ihrem Zweck.

Referenz:

1. Design von PCR-Primern und -Sonden, Integrierte DNA-Technologien, hier erhältlich.

Bildhöflichkeit:

1. "Q-FISH workflow" Von Jclam in der Wikipedia auf Englisch (CC BY 3.0) über Commons Wikimedia
2. „Primers RevComp Elongation“ von Richard Wheeler (Zephyris) - Eigene Arbeit (CC BY-SA 3.0) über Commons Wikimedia